设置9个处室：综合处、政策研究室、秘书处、文书处（院总值班室）、政务信息处、科技安全处、保密处、财务处、机关事务管理处。

　　综合处：负责院重大活动、重要会议的综合组织协调；负责院主要领导调研活动的组织协调；负责院机关会议计划管理；负责厅内综合事务管理和协调，承担厅人事、公文、督办、经费、保密、信息宣传、档案、会议、培训等内部管理工作，支撑保障全厅日常运转；负责厅制度建设和重要文稿起草；联系院法律顾问室；承担院办公室工作研究会秘书处工作；承担厅领导交办的其他任务。

　　政策研究室：负责院重要文稿起草；负责院主要领导相关综合性文稿起草；负责组织开展院情调研并就有关问题提供政策建议；负责与国家有关政策研究部门的联络沟通；负责院发展咨询委员会秘书处工作；承担厅领导交办的其他任务。

　　秘书处：负责院党组文件文稿起草工作；负责院领导例会组织协调，支撑院相关重大活动；负责院党组重要工作督办事项及院领导例会决策事项的督办工作；负责院领导的秘书工作，负责原院领导的服务工作；负责院领导公务活动协调、日程安排等；承担院党组办公室日常工作；承担院领导、厅领导交办的其他任务。

　　文书处（院总值班室）：负责全院公文处理的制度建设、业务指导及培训工作；负责院级收文处理工作；负责日常值守、应急协调工作；负责院级发文的审核、制发与公文处理的流程管理；负责院级机要文件交换工作；负责上级领导批示指示督办工作；负责全国两会交办的提案、建议的办理工作；负责院级印信管理，负责院机关事业单位法人证书的日常管理；承担厅领导交办的其他任务。

　　政务信息处：负责全院政务信息工作的宏观指导与综合协调；负责院政务信息刊物的组稿、编辑与报送工作；负责制定院政务信息规章制度；负责组织开展全院政务信息业务培训；负责全院档案工作的管理指导与综合协调；负责院机关档案管理工作；承担厅领导交办的其他任务。

　　科技安全处：负责全院科技安全、科研生产安全、网络安全、防范暴恐、信访维稳、安全保卫、无线电管理的宏观指导、制度建设、监督检查、宣传教育及培训等工作；负责京区院属单位安全管理工作；指导协调重要会议、活动的安全保卫工作；配合有关部门处理全院重大安全事故、突发性事件；负责院机关信访维稳工作；承担厅领导交办的其他任务。

　　保密处：负责全院国家安全、保密和密码工作的宏观指导、制度建设、监督检查、宣传教育及培训工作；负责院保密工作规划、院保密信息化规划的制定及组织实施；负责组织开展院保密资格审查认定、保密自查自评、院涉密信息系统建设及测评能力建设；负责院机关保密管理工作；配合有关部门处理失泄密事件；承担厅领导交办的其他任务。

　　财务处：负责制定院机关财务管理等规章制度；负责院机关年度经费预决算、财务收支情况分析；承担院机关日常财务管理工作；负责院机关财务信息化建设与管理；负责有关部门托管经费的管理与监督；承担厅领导交办的其他任务。

　　机关事务管理处：负责院机关政府采购、固定资产管理工作；负责院机关房地产管理工作；负责院机关基建维修管理工作；负责院机关重要会议、活动服务保障工作；负责院机关后勤保障管理工作；负责院机关职工的医疗保健服务和京区保健中心工作；负责院机关园区安全保卫、消防安全、防范暴恐、交通安全等工作；承担厅领导交办的其他任务。